당시 상황을 잘 아는 전직 검찰 고위 관계자는 29일 <한겨레>에 “123정장을 긴급체포한 광주지검 수사팀이 대검 형사부를 통해 ‘업과사와 허위공문서 작성 등으로 영장을 청구하겠다’고 올렸는데, 법무부가 대검을 통해 ‘업과사는 안 된다. 빼라’고 지시했다. 그건 오직 장관만이 결정할 수 있는 사안으로, 당시 검찰국장·과장은 전달만 한 것”이라고 말했다.
검찰 고위직 출신 변호사는 “황 장관이 검찰총장에 대해 구체적인 사건의 수사·지휘권을 갖고 있긴 하지만, 검찰에 영장의 특정 죄목을 빼라고 지시했다면 지휘권 행사가 아니라 직권남용 권리행사방해가 될 수 있다”고 말했다. 업무상 과실치사 혐의를 빼고 청구한 영장은 법원에서 기각됐다. 장관의 영장 청구 개입 행위가 실제로 이행된 것이다. 수사팀은 석달 뒤인 2014년 10월초 업무상 과실치사 혐의를 적용해 123정장을 불구속 기소했다.
당시 황 장관을 비롯한 법무부와 대검 수뇌부가 6·4 지방선거 등을 의식해 수사팀 구성과 수사 착수 시점을 최대한 늦췄다는 증언도 나왔다. 검찰 관계자는 “겉으론 ‘해경 사기 저하’ 운운했지만, 사실은 선거를 걱정했다. 그래서 당시 수사팀장에 ‘강성’인 윤대진 형사2부장을 임명하는 데도 진통이 있었고, 각 지검에서 차출하기로 한 수사팀 구성도 (법무부에서) 인사를 내주지 않아 계속 늦춰졌었다”고 했다. 당시 광주지검 관계자도 “6월 지방선거 전에는 일체 대외수사를 못하게 했다. 검사들이 목포까지 갔다가 갑자기 ‘하지 마’ 그래서 돌아온 일도 있다. 해경 전산서버 압수수색을 6월5일에야 나간 것도 그 때문”이라고 말했다.