다만 기존 검찰청 조직과 동일한 대공소청-고등공소청-지방공소청 3단 구조는 그대로 유지하기로 했다. 법조계에선 기존 고등검찰청의 역할이 적기 때문에 고등공소청을 폐지하고 다른 행정 조직과 마찬가지로 중앙-지방 2단 구조로 해야 한다는 지적이 나오지만, 기존 체계를 없앨 경우 벌어지는 업무 공백을 채우기 힘들다고 판단한 것으로 보인다.
익명을 요구한 민주당 의원은 시민언론 민들레와 통화에서 "고등공소청과 지방공소청 사이의 지휘권이나 체계 등을 다 부수기는 어려워서 3단 구조를 그대로 유지하기로 했다"며 "고검에 감찰권이 있는 것과 같이 내부 규율과 관련된 것들이 있는데, (고등공소청이 없다면) 그걸 대공소청이 전부 할 수 있느냐는 문제 제기가 있었다"고 전했다.
김 원내수석도 민들레와 사회관계망서비스(SNS)를 통해 나눈 대화에서 "현재 고검에서 담당하는 국가소송 등의 사무 승계 등, 현실적으로 고등공소청이 없을 때 발생하는 업무 공백의 문제를 해결하는 게 쉽지 않다는 현실적인 문제를 고려했다"고 설명했다.
김 원내수석은 공소청 수장 명칭에 대해선 "공소청장 이름을 쓰는 게 원칙이라고 정했다"며 "다만 헌법상 검찰총장이란 이름을 사용하게 돼 있기 때문에 공소청장이 검찰총장을 겸한다고 해서 실질적으로 공소청장으로 부를 수 있도록 수정안을 준비했다"고 전했다.
공청회 토론에서도 찬반 양쪽에서 비판이 제기됐던 중수청의 수사사법관(검사)-전문수사관(수사관) 이원화 구조는 일원화로 정리됐다.
김 원내수석은 "중수청 수사구조는 일원화해 수사관으로 명칭을 통일하되, 담당 업무에 따라 '법률수사관' 식으로 새 직책을 마련하는 건 정부가 고민하도록 의견을 모았다"며 "(수사관의) 자격 제한도 없어진 것"이라고 밝혔다. 이에 따라 중수청장도 15년 이상 검찰 출신 법조인 등이 독점하는 구조가 아니라, 15년 이상 수사 실무에 경력이 있는 경찰이나 수사관도 청장이 될 수 있도록 했다.
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