엄희준 당시 지청장은 노동청이 기소 의견으로 송치하자, 지난 2월 문 부장검사를 거치지 않은 채 사건을 담당했던 주임검사를 따로 불러 '혐의없음' 정리하라는 취지로 지시했다. 지검장의 지시에 따르지 않는 문 부장검사를 의도적으로 제외했던 것으로 보인다. 엄 지검장은 주임검사에게 대검에 제출할 보고서에 핵심 증거인 노동청 압수수색 결과도 포함시키지 말라고도 했다. 이 사건은 결국 지난 4월 최종 무혐의·불기소 처분이 내려졌다.
이 과정에서 문 부장검사는 수모를 겪기도 했다. 엄 지검장은 지난해 10월 문 부장검사가 노동청이 신청한 압수수색검증영장을 전결한 것을 문제 삼아 공공수사 사건의 전결권을 박탈했다. 또 지난 3월 대검 보고서에서 노동청 압수수색 결과를 누락한 데 대해 대검 노동수사지원과장에게 언급했다는 이유로 '대검 감찰 지시, 재배당 조치 취하겠으니 각오하라'는 취지의 폭언을 듣기도 했다.
이에 문 부장검사는 엄 지청장과 김동희 차장검사 등 상관이 부당한 업무지시를 했다며 직권남용과 허위공문서 작성 등으로 수사·검찰 해달라고 대검에 진정서를 제출했다. 엄 지청장은 상습적인 폭언 행위로도 진정이 접수됐다. 아울러 문 부장검사는 김 차장검사가 쿠팡을 변호하는 김앤장 법률사무소의 변호사와 접촉했다며, 공무상비밀누설죄 등으로 처벌해달라고 요구했다.
문 부장검사는 국감에서 '엄희준 검사의 부당한 업무지시는 어떤 것이었냐'는 더불어민주당 김주영 의원의 질문에 "부장 모르게 주임검사를 청장실로 불러 무혐의 수사 가이드 라인을 전달했다. 그리고 그 수사 무혐의 가이드라인에 따라서 핵심 압수수색 결과가 누락된 상태로 대검에 보고가 됐다"며 "아주 이례적인 이런 처분 과정에 문제 제기를 했고 이거는 부적절한 것을 떠나서 범죄 행위까지 이어진다고 판단해서 진정을 하게 됐다"고 설명했다.
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